La presencia de la Congregación Misioneros de San Carlos Scalabrinianos en El Salvador da inicio el 12 de febrero de 2013, cuando en ese entonces Superior Provincial, en la Provincia San Juan Bautista, de los Misioneros de San Carlos Scalabrinianos, Rev. Adilso Luiz Balen, cs, firma el Convenio con el señor Arzobispo Metropolitano de San Salvador Monseñor José Luis Escobar Alas, para regular la presencia y la acción pastoral a favor de los migrantes de acuerdo con el carisma de la Congregación Scalabriniana. Delegando desde ese entonces al Rev. Mauro Verzeletti cs, como responsable de la Pastoral del Migrante. Para el mes de septiembre de ese mismo año, se le asigna un espacio físico en el que se inicia y desarrolla las actividades, estando la primera casa ubicada en el Centro Histórico de San Salvador, contiguo a la Iglesia “El Rosario”.

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En el 2016 Scalabrinianos junto con el CICR inician proyecto para la construcción del nuevo edificio que albergaría a la población migrante, este es un espacio propio de la congregación en el municipio de San Salvador contando con una excelente ubicación geográfica para atender a la población que Scalabrinianos sirve (personas desplazadas, deportadas o retornadas con necesidades de protección, solicitantes de asilo/refugiados y migrantes en tránsito). Lográndose la inauguración en el mes de mayo del año 2018.

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En ese mismo año la misión inicia una atención integral contando con equipo técnico y calificado para la atención a la población migrante a través de trabajo social, área legal y psicología.

Gracias a las distintitas asociaciones, alianzas y donaciones Scalabrinianos ha aumentado su capacidad de atención en Casa de acogida, entrega de ayuda humanitaria, realización de jornadas de formación y sensibilización todo en beneficio de las personas migrantes. La misión actualmente es liderada por el Padre Roberto Maestrelli director de la Misión Scalabriniana en El Salvador.